在全国社会保障基金审计结束后，为促审计整改落实，溧阳市审计局对问题和部门进行了分类归属，并发函至具体相关部门。目前，“审计整改函”陆续得到了一些部门的积极回应，审计建议得到了充分采纳和落实。

针对审计反映的基金挤占和配套不足的问题，溧阳市人社局发文《市人社局社保基金专项审计整改情况汇报》（溧人社发[2012]60号），已与财政等部门协调，逐步补足到位；对有关资金结余较大，已申请延长扩大支出试点范围。随后，卫生局发文《关于对我市社会保障基金审计发现问题进行整改的复函》(溧卫函[2012]4号)，函告该局着眼规范，着力构建长效机制，制定和落实了五项整改措施：加强制度建设，制定完善了新农合信息管理制度、审核分析管理制度、回访调查制度；强化人员管理，招聘了一名计算机专业研究生，举办了全市新农合基础信息复核专题培训班；加强硬件投入；加强定点医疗机构监管；推行市镇村三级报销公示制度。

除此之外，此次审计涉及到的其他部门也都以红头文件发文陆续复函，审计整改工作在有序进行中。