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由于电子审计档案具有不同于纸质档案的特性，因而决定了其在保存与维护方面的复杂性。如何保存、维护电子审计档案，使之安全、可靠并永久处于可准确提供利用的状态，是基层审计档案工作者急需解决的问题。
第—，要保证电子审计档案载体物理上的安全。一是不同的软盘要存放在专门设计的盒子、圆盘或其他箱子里，这些盒子或箱子最好有盖，这样可以使软盘保持干净并不受损害。二是不要触摸磁盘的表面，要防尘、防油渍以及其他残留物，因为这些污染物都会抹掉软盘上的资料。三是磁盘还要远离磁场。四是如果存放软盘的箱子能上一把锁的话，会更让人感到放心。五是光盘也需要有干净、安全的环境来保护。软盘的保护措施也可用于保护光盘。
第二，要保证电子审计档案内容逻辑上的准确。电子审计档案的内容是以数码形式存储于各种载体上的，在以后的利用中，必须依赖干电子计算机软硬件平台将电子审计档案的内容，还原成人们能够直接阅读的格式进行显示。这对于电子审计档案而言是一个较为复杂的过程。因为，电子审计档案来自各个方面，往往是在不同的电子计算机系统上形成的，且在内容的格式编排上也不尽—致，这种在技术和形式上的差异，必然导致在以后还原时，所采用的技术与方法的不同。而电子审计档案在形成时所依赖的技术，往往是已经过时的技术，这是科技进步所带来的必然结果。因此，除对电子审计档案本身进行很好的保存外，还必须对其所依赖的技术及数据结构和相关定义参数等加以保存，或采用其它方法和技术力加以转换。
第三，要坚持电子审计档案和纸质档案保管的“并存”制度
随着审计技术的不断发展和审计实践的需要，对审计档案信息的要求将越来越高，电子审计档案的出现是审计档案工作发展的突出体现。而作为电子档案的前身——电子文件，由于其自身的特殊性，再加上计算机网络带有一定的局限性，如数据库的饱和、网络病毒的干扰等，势必对电子文件造成一定的影响，从而危及电子档案的安全。因此，为保证电子审计档案的安全性，避免由于档案的丢失而造成不必要的损失，在审计工作中必须坚持电子审计档案与纸质档案同时保管的办法，即在办公自动化管理网络上，对本单位办公网上形成的具有保存价值的电子文件，在做到当日的文件当日在网上进行物理归档，年终进行光盘刻录保存的同时，还要将这些电子文件下载成纸质文件，并将纸质文件按照审计署六号令关于审计档案管理的要求进行分类、立卷和保管，以达到双保险的目的。但需要强调的是，以年度为单位所刻录的电子文件光盘必须与实存的纸质档案相吻合，对于那些涉及到国家和被审单位秘密的文件，没有在办公网上进行处理的，文书处理部门或人员应在文件处理完毕后，及时向档案部门进行移交，由档案部门负责向办公网络中心提供，并按电子文件归档要求进行扫描，从而保证本年度内电子文件的齐全和完整。
第四，要保证电子审计档案的可理解性。对一份电子审计档案的内容来说，常常有不被人完全理解的情况。为了使人们能够完全理解一份电子审计档案，就需要保存与档案内容相关的信息。这些信息应包括：元数据；物理结构与逻辑结构的关系；相关的电子审计档案名称、存储位置及相互关系；与电子审计档案内容相关的背景信息等。
第五，要对电子审计档案载体进行有效的检测与维护。电子审计档案载体，特别是磁性载体，极易受到保存环境的影响。因此，对所保存的电子审计档案载体，必须进行定期检测和拷贝，以确保电子审计档案信息的可靠性。定期检测，应每年一次，采用等距抽样或随机抽样的方式进行，样品数量以不少于10%为宜。首先进行外观检查，确认载体表面是否有物理损坏或变形，外表涂层是否清洁及有无霉斑出现等。然后进行逻辑检测，采用专用或自行编制检测软件对载体上的信息进行读写校验。通过检测发现有出错的载体，须进行有效的修正或更新。应每四年拷贝一次，且原载体继续保留的时间不少于四年。对于电子审计档案的检测与维护，必须进行严格管理，因为任何一次误操作，都可能使保存的电子审计档案遭到人为损坏，甚至造成难以弥补的损失。必须建立相应的维护管理档案，对电子审计档案的检测、维护、拷贝等操作过程进行记录，避免发生人为的误操作或不必要的重复劳动。
对电子审计档案的有效保存与维护，是—项极其重要而复杂的工作。因而，基层审计机关在对电子审计档案的保存与维护过程中，应充分考虑环境、设备、技术、人员及电子审计档案的特点等综合条件，来制定技术方案和工作模式，并采取有效措施，以确保电子审计档案的安全可靠，能够永久地处于可准确提供利用的状态，使其在审计工作中发挥更大的作用。
