建立健全决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调的权力结构和运行机制，是当前完善权力结构、规范权力运行、防止权力滥用的客观需要。审计机关作为制约和监督权力的重要部门，在权力的制约和监督方面具有独特的优势，具有其他部门不可替代的作用。审计机关应从专业特长、职能优势和客观公正、依法独立性等特征出发，既要对权力行使的主体进行监督，也要对权力运行过程进行监督，从根本上发挥免疫系统功能。
　　1．对行政审批和执法权进行制约和监督
　　行政审批的事项和环节过多、范围过广，行政多头分散审批，“暗箱操作”已严重阻碍着市场经济的发展，改革行政审批制度已成为共识。行政审批权与行政性收费有着天然的联系，握有行政审批权的部门往往会利用手中职权，巧立名目，收取各种名目繁多的费用，形成巨大的预算外资金，成就部门利益。同样，行政执法部门也会利用手中掌握的行政监管、处罚等执法权以权谋私。因此，审计要着眼于维护改革、发展、稳定大局，加强对预算外资金的审计，具体应把握以下几点：一是收费行为是否合法化，二是收费标准是否公开化，三是资金管理是否规范化，四是票据使用是否单一化。
　　  2．对国有企业经营决策权进行制约和监督
　　在社会转型过程中，国有企业遇到了越来越大的挑战。尽管党和国家一直把国有企业作为改革攻坚的主要目标，但由于受计划经济的影响太大，机制不健全、管理不完善的问题长期难以根本解决。因权力失控而导致国有企业的违法违纪案件，无论是在数量上，还是在严重程度上，都呈上升趋势。审计中应重点把握以下几点：借承包经营之机，用国家资金经营，赚钱归个人所有，赔钱由企业承担；利用企业资金炒股，将股息据为己有；乘企业资产重组、股份制改造之机，合伙私分国有资产或故意低价评估国有资产从中牟利；利用组建股份制企业或股份制改造之机，用公款为个人购买法人股，非法占有企业股份。
　　   3．对金融资金运作权进行制约和监督
　　实行市场经济后，银行在国家经济生活中的地位越来越重要，但管理体制和管理方法滞后，监管力度不够，银行系统违纪违法案件呈直线上升趋势，其严重程度令人触目惊心。审计中应重点把握以下几点：审贷机制不健全，权力过分集中，导致贷款决策凭个人意志、人情贷款，信贷审查制度流于形式，使贷款失去效益性、安全性和流动性保障；管理机制不完善，违规经营、违规吸储、用银行资金炒房地产，流入期货股市交易，形成高风险资产；安全防范不到位，内部控制制度薄弱，给不法分子以可乘之机，钻政策空子，套取、诈骗银行资金，使银行资产遭受损失。
　　4．对投资决策权进行制约和监督
　　重大经济项目的决策关系到一个地区和国家的经济发展，经济决策审计是从源头抓起，是对权力进行制约和监督的关键。经济决策过程是一种权力的运行过程，而权力的运行必须接受法律的制约和监督。在经济决策审计中，首先要检查投资决策是否符合有关的法律法规，是否符合人民群众的利益，有无政绩工程和超出地方财力的形象工程;其次，检查经济决策是否科学，决策前是否充分调查研究，是否广泛听取专家学者的建议，是否将效益放在了首位；决策权和执行权是否真正分离；再后要检查经济决策是否做到公开透明，是否建立决策项目的预告制度和重大事项社会公示制度，充分听取群众的意见，保证经济决策的公开化和民主化。
　　   5．对招投标和政府采购权进行制约和监督
　　为了强化财政预算约束，最大限度地节约财政支出，促进资源优化配置，遏制权力腐败，近几年，各地大力推进招投标和标政府采购制度，然而，在实际过程中，依然存在滥用职权谋取私利的行为，因此，审计要加强对招投标和政府采购过程中的权力制约和监督，重点应把握：一是审查招标和采购预算是否随意突破；二是审查招标和采购方式是否存在不合理、不合法、不经济问题；三是审查招投标和采购过程是否有“暗箱操作”；四是审查供应商及中介机构是否有营私舞弊行为；五是审查具体招标、采购过程是否存在弄虚作假现象。
　　 6．对政府投资绩效进行制约和监督
　　  审计工作总是伴随着经济、社会的发展而发展。绩效审计正是顺应形势，实现审计工作现代化的必然要求。审计应当重点监督三个方面的内容：一是是否按照确定的用途使用，二是资金运用是否安全，三是资金使用是否达到应有的效果。前两者强调强化财政财务收支的真实合法审计，着力揭露严重违法违规问题和经济案件，防止国有资产流失；后者就是要积极探索绩效审计，注意揭露由于决策失误、管理不善造成的严重损失浪费等问题，促进提高经济运行质量和效益。
　　权力制约和监督工作，是一项涉及面广，工作难度大的系统工程，必须形成党政齐抓共管，各负其责的干部监督机制,形成资料共享、齐抓共管的工作局面，使审计工作进一步规范化、程序化，切实发挥审计在权力监督体系中的重要作用。