一、十年改革，成效显著
部门预算是以政府部门为单位进行编制，经财政部门审核后报同级立法机关审议通过，反映各部门所有收入和支出的公共收支计划。1999年6月，审计署代表国务院在第九届全国人民代表大会常务委员会第十次会议作了《关于1998年中央预算执行情况和其他财政收支的审计工作报告》，提出要进一步细化预算，增加预算透明度，使上报人大审批的预算尽可能落实到具体的部门和项目，便于人大进行监督。根据审计署及全国人大常委会的相关意见，1999年9月，财政部发布《关于改进2000年中央预算编制的通知》，明确我国预算编制改革的方向是采取市场经济国家的通行做法编制部门预算，选择教育部、农业部、科技部、社会保障部等部门从2000年开始试编并向全国人大提交部门预算，从而拉开了我国部门预算改革的序幕。
近十年来，结合政府收支分类、基本支出定额、“收支两条线”、预算绩效考评、财政拨款结余资金管理、政府采购等一系列改革措施，部门预算的编制取得了一定的成效，实现了由传统的按支出功能编制的分散预算，转变为以部门为主体，编制统一完整的预算，即“一个部门，一本预算”；改变过去预算内外资金管理“两张皮”的做法，将部门所有收支统一纳入部门预算管理，实现综合预算管理；预算编制方法由过去的基数加增长，转变为零基预算，延长了预算编制时间，细化了预算项目，提高了人大审查监督的有效性。
二、当前部门预算仍然存在的问题
近年审计署组织对地方财政收支管理的审计调查发现，目前部门预算还存在批复到位率低、预算执行过程中二次分配资金等问题，影响了财政管理的科学化、精细化。
（一）部分单位仍未编制部门预算。《财政部关于完善和推进地方部门预算改革的意见》（财预〔2006〕406号）规定，“十一五”期间，全国县级以上都要实行比较规范的部门预算。但由于部分地区财力有限，难以在年初预算时保障部门正常运转的支出预算，目前还不能将所有部门纳入2009年部门预算的编制范围。如某县2008年本级收入仅占总收入的27%，大量支出靠上级转移支付维持。在该县54个一级预算单位中，预算外资金收入较多的县广电局和县机关幼儿园在2006年实施了部门预算，其余52个单位截至2009年都没有编制部门预算。
（二）预算编制不够细化，财政批复到部门预算的资金到位率低，大量支出以财政厅（局）内部相关业务处（科）专款的形式编报，在一定程度上影响了预算执行。由于在预算编制时部分项目资金没有落实具体计划，对中央专项补助的配套资金难以在预算时落实到部门等原因，2008年某省财政厅批复到部门的预算支出仅占省人大批复预算支出的65.98%，其余34.02%以财政厅各处室专款的形式编报。预算编制是严格预算执行的基础，部门预算批复到位率偏低，预算编制不够细化，在一定程度上影响了预算执行。如以该省财政厅预算处专款编报的“地质矿产资源利用与保护”支出，直到2008年预算执行结束，项目都没有落实，资金闲置，降低了财政资金的使用效益。
（三）项目库建立不完善，部门预算打捆项目支出多，存在“先批预算，后定项目”，在预算执行过程中二次分配资金的情况。部门预算中大量的项目支出在预算编制时仅按支出方向以打捆方式编报，并未在年初落实到具体项目。造成上述问题的主要原因是，目前部分主管部门还没有做到依据国家方针政策，在充分调查研究的基础上，根据预算编制要求和专项支出管理办法，建立滚动式备选项目库，且在下一年度预算编制程序启动前，对专项支出项目进行科学筛选，按各项目在履行政府职能方面的轻重缓急程度科学排序，将资金落实到具体项目。项目资金按支出方向打捆编报预算，在预算执行过程中才组织项目的申报、评审，通过二次分配确定项目，资金下达时间晚，在一定程度上影响预算执行。
（四）支出定额标准不科学，部分基本支出从项目经费中提取，加大了管理难度。受到财力的限制，目前部门预算中的基本支出定额标准普遍偏低，难以满足部门正常运转的需要。在这种情况下，有项目管理权的部门普遍从项目资金中提取管理经费，用于弥补日常经费的不足，加大了部门经费管理的难度。如某省级部门2008年部门预算编列出国费、招待费、会议费、培训费等四项经费77万元，但在预算执行过程中按该部门管理的项目资金的2%提取项目管理费，其中用于弥补日常经费637万元，部门决算四项经费高达714万元，是年初预算的9倍。
三、充分发挥审计建设性作用，破除坚冰，推动部门预算改革深化
部门预算改革推行已近十年，比传统的预算编制取得了重大的突破。实践证明，改革的方向是正确的，较好地实现了“一个部门，一本预算”，预算编制程序更为规范透明，编制方法更为科学合理，有利于人大的审批和监管。但是，改革在规范部门预算管理的同时，也必将触动部门既得利益，并受到财政管理水平的制约。目前部门预算中存在的问题，不再是改革初期预算编制形式上的问题，而是在改革推进过程中必然面临的实质性问题，不是一朝一夕可以解决的，改革进入攻坚战，改革的难度日益加大。
审计“免疫系统”功能的提出，进一步强化了审计的建设性作用，要求通过从宏观着眼，从微观着手，再回到宏观层面的审计监督流程，充分发挥审计的警示、防御、预防功能，及时发现并反映各子系统内部、各子系统之间存在的问题，积极提出既有前瞻性又有可操作性的建议，推进相关部门堵塞漏洞、完善制度、加强内控、规范管理。审计促进了我国部门预算改革序幕的拉开，见证了改革每一步取得的成效，当前更应该充分发挥建设性作用，对审计中发现的问题，站在相对独立的角度，从制度、政策的层面分析原因，打破部门间利益分割的局面，从加强财力保障、完善项目库论证建设、科学制定支出标准等方面提出建议，以推进部门预算改革的深化，提高部门预算批复到位率和预算透明度，减少预算追加调整事项，增强预算约束，完善财政资金分配、使用和监督管理机制，提高财政资金使用效益。
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